Resume

10/2015-Present Junior CNRS researcher (CR2)

Laboratory for Computer Science (Paris-Sud University/Paris-Saclay/CNRS/INRIA)

01/2014-09/2015 Postdoctoral researcher – Reconstructing demographic history from genetic data

Ecological Anthropology and Ethnobiology lab (National Museum of Natural History)

Prof. Frederic Austerlitz

Inferring demography from SNP data and full sequences using Approximate Bayesian Computation:
- Find relevant statistics, suitable to whole-genome data

- How to deal with ascertainment bias and sequencing errors
- Identify recent human expansions related to lifestyle
- ...

01/2012-01/2014 Postdoctoral researcher – Mathematical modelling for population genetics

University of California, Berkeley. Center of Theoritical Evolutionary Genomics.

Prof. Montgomery Slatkin

Statistical analysis of complete genomic data, modelling of evolutionary processes and inference of demographic scenarios.
Current projects:
Inferring admixture between archaic and modern Humans.
Inferring inbreeding from a single individual.
Modelling sex-biased migration in bears.


10/2008-11/2011 PhD - Bayesian methods for population genetics: relationships between population genetic structure and environment

Keywords: population genetic structure, environmental covariates, Bayesian hierarchical models, latent class models, MCMC, bioclimatic models.

Development of new Bayesian methods (languages C++, R)
Implementation of the software POPS with a graphical user interface (C++, Qt)
Applications: Genes, geography and languages in Human populations
Change of plants population genetic structure in response to global warming

Grenoble University
PhD advisors: Olivier François and Michael Blum
Lab: Techniques for biomedical engineering and complexity management – informatics, mathematics and applications – Grenoble (TIMC-IMAG)
PhD school: EDISCE, Models, methods and algorithms in biology, health and the environment.
Jury: Florence Forbes (DR INRIA), Étienne Klein (DR INRA), Renaud Vitalis (CR CNRS), Stéphanie Manel (Professeur), Bertrand Servin (CR INRA), Olivier François (Professeur), Michael Blum (CR CNRS)



2007-2008  Master degree in mathematical modelling in biology  

Models, Images and Instruments in Medicine and Biology - Engineering for Health and Medicine, University Joseph Fourier, Grenoble. (With honours) 

> Thesis:  Statistical methods for population genetics. Respective roles of languages and geography in shaping human population genetic structure.



2005-2008 Master degree in computer science and applied mathematics from the French “Grande École ENSIMAG (National School of Computer Science and Applied Mathematics)

 > Thesis: Modelling of rabies transmission in bats colonies in the Balearic Islands and measures of natural breakdown impact on epidemic dynamics.


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10/2015-Présent Chargée de recherche CNRS (CR2)

Laboratoire de recherche en Informatique (Université Paris-Sud/Paris-Saclay/CNRS/INRIA)

01/2014-09/2015 Postdoctorat – Reconstruire l'histoire démographique à partir de données génétiques

Laboratoire d'Eco-anthropologie et Ethnobioogie (Muséum National d'Histoire Naturelle)

Prof. Frederic Austerlitz

Inférence de la démographie à partir de données de SNP ou de génomes complets en utilisant les méthodologies ABC (Approximate Bayesian Computation):
- Trouver des statistiques adaptées au type de données

- Comment tenir compte du biais d'ascertainement et des erreurs de séquençage
- Identifier des expansions récentes de populations humaines, liées au style de vie
- ...

01/2012-01/2014 Postoctorat – Modélisation mathématique pour la génétique des populations

Université de Californie, Berkeley. Center of Theoritical Evolutionary Genomics.

Prof. Montgomery Slatkin

Analyse de données génomiques, modélisation de processus évolutifs et inférence de l'histoire démographique des espèces.
Projets:
Métissage entre Homme moderne et archaïque.
Estimation de la consanguinité à partir d'un unique individu.
Modélisation de flux de gènes avec asymétrie liée au sexe.

10/2008-11/2011 Doctorat - Méthodes bayésiennes en génétique des populations : relations entre structure génétique des populations et environnement


Mots-clés: structure génétique des populations, covariables environnementales, modèles bayésiens hiérarchiques, modèles à classes latentes, MCMC, modèles bioclimatiques.

Développement de nouvelles méthodes bayésiennes (C++, R)
Implémentation du logiciel POPS avec interface graphique (C++, Qt)
Applications:  
Gènes, géographie et langues chez l'Homme
Structure génétique de populations de plantes alpines et changement climatique

Thèse soutenue à l'Université de Grenoble, dirigée par Olivier François et co-dirigée par Michael Blum, préparée au sein du laboratoire Techniques de l’Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications de Grenoble (TIMC-IMAG) et de l’école doctorale EDISCE. Spécialité Modèles, méthodes et algorithmes en biologie, santé et environnement
Composition du jury: Florence Forbes (DR INRIA), Étienne Klein (DR INRA), Renaud Vitalis (CR CNRS), Stéphanie Manel (Professeur), Bertrand Servin (CR INRA), Olivier François (Professeur), Michael Blum (CR CNRS) 


2007-2008 Master 2 Recherche – Modélisation mathématique en biologie

Modèles, Images et Instruments en Médecine et Biologie – Ingénierie pour la Santé et la Médecine, Université Joseph Fourier, Grenoble. (mention très bien)

> Mémoire: Méthodes statistiques et algorithmes pour la génétique des populations.


2005-2008 Inénieur ENSIMAG – Informatique et mathématiques appliquées

École Nationale Supérieure d'Informatique et Mathématiques Appliquées

> Mémoire: Modélisation mathématique de dynamiques épidémiques, transmission de la rage dans des colonies de chauves-souris